Santa Casa da Misericórdia da Lisboa (SCML) foi fundada em 1498 pela rainha regente D. Leonor, contando com a orientação de frei Miguel Contreiras e o apoio de cem “fiéis e bons cristãos”, com a finalidade de dar atenção aos problemas de saúde e assistência existentes na cidade de Lisboa. A instituição regia-se por um “Compromisso”, que estabelecia as catorze obras de misericórdia que os “irmãos” deviam praticar: ensinar os que não sabem, dar bom conselho, trazer para o bom caminho os que erram, consolar e confortar os tristes, perdoar os que ofendem, sofrer injúrias com paciência, rezar a Deus pelos vivos e pelos mortos, visitar os presos e os doentes, curar os enfermos, vestir os nus e alimentar os famintos, dar de beber a quem tem sede e habitação aos pobres e peregrinos, e enterrar os mortos.
Após a Misericórdia de Lisboa criaram-se outras misericórdias noutras cidades e possessões portuguesas, de maneira que em 1599 existiam já 51 fundações. Estas instituições tiveram a sua origem na Itália nos princípios do século XIV, aí com um sentido de protecção civil e de transportes sanitários enquanto que em Portugal se centraram em actividades relacionadas com a saúde e a pobreza (em 1995 existiam em Portugal 387 misericórdias, e 950 nos outros países de expressão portuguesa).
Em 1543 a SCML foi encarregada da responsabilidade de ajudar os enjeitados e em 1564 da administração do Hospital de Todos-os-Santos; com o terramoto que sofreu a cidade de Lisboa em 1755, o fogo destruiu muitas das instalações da Misericórdia. Em 1768 o rei D. José doou a Casa Professa de S. Roque para sede da Santa Casa e em 1783 a rainha D. Maria I concedeu-lhe a exploração das lotarias, para que assim pudesse fazer face aos gastos relacionados com a saúde e a assistência social. Até 1834, a administração da SCML era realizada segundo o regime de voluntariado, até que no referido ano os administradores passaram a ser de designação régia.
Em 1923 começou a administrar o Hospital de Sant’Ana, sanatório criado em 1904 pela Sr.ª D. Cláudia Chamiço e doado à SCML em 1911; a crise financeira do Hospital obrigou à mudança da sua gestão, apesar de manter sempre uma certa autonomia. Após a Revolução dos Cravos de 1974, o hospital passou a fazer parte do Ministério da Saúde, mas em 1980 retornou à própria Misericórdia. Também em 1964 passou a fazer parte da SCML o Centro de Medicina de Reabilitação, construído em Alcoitão com recursos provenientes do Totobola, já administrados desde 1961 pela SCML. Em 1985 passou a administrar o Totoloto e os seus lucros.
A SCML é uma pessoa colectiva de utilidade pública administrativa, segundo os estatutos aprovados por decreto-lei em 1991. O órgão reitor é a mesa, constituída por: provedor, vice-provedor, e três adjuntos nomeados por períodos de três anos. O provedor é nomeado por despacho conjunto do primeiro ministro e dos membros do Governo que exercem a tutela, e os restantes membros por despacho dos responsáveis da tutela. Em 1995 o orçamento da SCML ascendia a 18.810 milhões de contos e a sua equipa humana era constituída por 4820 pessoas.
